Depende. Em situações normais não tem problema algum.
Via de rega o último CodeGen sempre funciona com todas as versões do BEF.
Ele utiliza a versão DB da Base de dados para saber como gerar o código corretamente para aquela versão.
Ou seja, se a versão DB já foi atualizada, o código gerado pode ficar incompatível. Já tivemos casos de programador utilizando uma base mais nova para gerar código para versões mais antigas. Nesse caso não funciona.