Não é possível regerar os caches por linha de comando no Builder.
Alternativa 1: Alterar o Builder para permitir, bastaria expor o método "RegerarCaches" que está na Tela principal do Builder.
Alternativa 2: Construir um aplicativo a parte que use o ConnectionClient, pois efetivamente quem gera o CAC é o Super Server, o método RegerarCaches faz exatamente isto. Segue abaixo os dois métodos do ConnectionClient que precisam ser chamados:
connectionClient.RebuildCAC;
connectionClient.GetCAC(sCaminho, now, 0, 0);