A função de macro ClearFieldDocument permite excluir o arquivo fisicamente no BDoc sem alterar o registro:
Public Sub EXCLUIRFISICAMENTE_OnClick()
ClearFieldDocument("NOME_DA_TABELA", "NOME_DO_CAMPO", CurrentQuery.FieldByName("HANDLE").AsInteger, False)
End Sub
O segredo é informar o último parâmetro False, que informa para não limpar o valor do campo arquivo na tabela.
É muito mais simples que utilizar o cliente do BDoc.
Lembrando que ao tentar visualizar o arquivo após a exclusão física, será exibido o erro "Não foi possível obter o documento do servidor".