As filiais do usuário você obtém com a proprieadade Company.Current.BranchList.
Já cláusula IN com as filiais, você pode gerar utilizando o método Criteria.BuildInSqlClause.
Para gerar algo equivalente ao BranchesSetSQL:
// Obter lista de handles das filiais
List<Handle> handlesFiliais = Company.Current.BranchList
.Select((branch) => branch.Handle)
.ToList();
// Gerar cláusula IN com os handles das filiais
string branchesSqlSet = Criteria.BuildInSqlClause("FILIAL",
Criteria.RestrictionsClause.In,
handlesFiliais);