Você pode usar o EntityQueryExtensions assim:
context.Query<IMinhaEntidade>().Where(x => x.Handle == 12345).Exists()
e negar a expressão asism:
!context.Query<IMinhaEntidade>().Where(x => x.Handle == 12345).Exists()
ou também fazer o where diretamente no Exists assim:
context.Query<IMinhaEntidade>().Exists(x => x.Handle == 12345);
ou
!context.Query<IMinhaEntidade>().Exists(x => x.Handle == 12345);